深圳市人民医院始建于1946年，前身系宝安县卫生院，解放后更名为宝安县人民医院，亦称“留医部”，1979年更名为深圳市人民医院。1994年被评为深圳首家“三级甲等”医院，1996年经国务院侨办批准成为暨南大学医学院第二附属医院，2005年升格为暨南大学第二临床医学院，2018年挂牌南方科技大学第一附属医院。医院目前共有院本部、龙华分院、坂田院区、一门诊和大鹏转化医学协同创新中心，现已发展成为功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医教研为一体的现代化综合性医院。
医院占地面积167708平方米，建筑面积353041平方米，开放床位2992张，在岗员工5113人，其中具有高级职称990余人，中级职称1782人，博士生导师22人，硕士生导师157人。2022年出院病人13.3万人次，诊疗人次335.3万人次。
2018年6月，医院获广东省政府遴选为全省首批高水平医院。医院连续多年进入艾力彼全国顶级医院100强榜单，并在三级公立医院绩效考核中屡创佳绩，连续三年获评等级A+。2022年，深圳市人民医院首次入选复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》综合百强，15个学科提名复旦华南区专科声誉排行榜，其中，健康管理科进入全国专科综合、全国专科声誉双榜前10，华南地区健康管理科声誉排行榜第1名。
医院目前拥有国家临床重点专科2个(呼吸与危重症医学科、普通外科)，广东省临床重点专科7个(普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科)，拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人(均为深圳首台)。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”。
医院为国家住院医师规范化培训基地及临床技能模拟培训中心。为暨南大学第二临床医学院博士后创新实践基地。医院呼吸与危重症医学科为国家首批专培基地。医院现有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等24个教研室。已培养硕士生1160余名、博士生80余名，本科生450余名。每年招收临床实习生200余名，进修生200余名。
医院拥有3个广东省工程技术研究中心、4个研究所、6个深圳市医学重点实验室、5个深圳市工程技术研发中心，是国家级临床药物试验机构，干细胞临床研究机构，国家医疗器械试验机构。医院与广州呼吸健康研究院钟南山院士呼吸疾病团队等25家知名学科团队签订“三名工程”合作协议。
2021年国自然立项31项，其中面上项目13项，青年基金项目18项，资助经费达1172万元，连续三年位居全市医疗卫生机构第一。2021年医院以第一作者或通讯作者共发表SCI学术论文总数426篇，其中中科院一区59篇，中科院二区159篇;以第一作者单位或通讯作者单位发表自然指数期刊9篇。2022年以我院为第一或通讯SCI论文共497篇，总影响因子3638;其中，中科院1区论文77篇，2区论文177篇，自然指数期刊4篇，在LANCET MICROBE，The Lancet. Infectious diseases，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，Molecular cancer等高水平期刊上发表数篇论文。
医院定期选送专业技术骨干前往纽约哥伦比亚和康奈尔长老会医院、美国哈佛医学院、美国克利夫兰医学中心、美国斯坦福大学、美国西北大学、约翰·霍普金斯大学、伦敦大学学院、英国爱丁堡大学、德国雷根斯堡大学医院、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院、中国医学科学院北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院等国内外知名医疗卫生机构及大学进修学习。
医院与德国纽伦堡大学医学院、不莱梅港中心医院、英国伦敦大学、英国爱丁堡大学、加拿大西大略大学器官移植中心、美国休斯敦卫理公会医院、法国里尔大学医疗中心、韩国全南大学校病院、韩国大田宣医院、南非开普敦大学格鲁特舒尔医院建立起长期合作与交流平台，缔结友好医院。
未来，在市委、市政府及上级主管部门的正确领导下，医院将坚持实施“124488”发展战略，努力建设立足大湾区、面向全球化打造专科特色鲜明、品牌优势突出、优质人才集聚、温情服务凸显、特色文化浓厚的国际化、智慧化、研究型的高水平现代化医院。