凭祥市中医院于1996年6月成立，是我市职工医疗保险、新农合、城市居民医疗保险定点医疗机构，也是广西中医药大学一附院技术协作医院，目前以托管凭祥镇卫生院合署办公的形式开展工作，主要开展的业务有中西医结合医疗服务，其中中壮瑶民族医药是我院的龙头科目，也是自治区卫计委重点专科建设项目。全院现有职工57人，其中中医院在编职工42人，聘用人员15人;副高职称4人，中级专业技术人员20人，初级卫技人员33人。医院设置科室有内儿科、妇科、针灸推拿科、康复理疗科、壮医科、医学检验科、放射科、B超等。开设住院病床35张，推拿床16张。医院配备有彩色B超、X光机(DR)、全自动化医学检验设备(全自动生化仪、全自动血球仪、尿沉渣分析仪、化学发光仪、全自动血凝仪、全自动尿分析仪等一批先进仪器设备)、急诊抢救设备、中医康复设备等，基本满足目前的诊疗需求。

2014年,凭祥市中医院搬迁建设项目列为凭祥市市委、市政府重点推进项目，经十五届第43期市长办公会议讨论决定，凭祥市中医院院搬迁到白云加油站北面建设，规划用地25亩。项目于2014年4月21日取得市发改局的立项批复，分两期工程建设，一期工程：建一栋业务综合楼(门诊、住院、医技)，地下一层，地上六层，总建筑面积约9217㎡，住院病床114张，计划投资3000万元;二期工程：药剂楼、后勤楼及配套设施工程项目，建筑面积2685.97㎡，计划投资2400万元。建成使用后将有效缓解凭祥市人民群众看病难看病贵的问题。