阜南县中医院于1998年3月组建成立，是一所集急救、医疗、康复、保健、科研、教学为一体的三级中医医院。2021年12被批准为三级中医医院;2011年7月，实现了创建“全国农村中医药工作先进单位”目标任务， 2017年7月、2021年7月再次通过“全国基层中医药工作先进单位”复审;2020年6月卒中中心通过省级验收，2020年9月国医大师李业甫传承工作室落户，2021年5月胸痛中心通过国家验收。现已成为老年友善医疗机构、省级诚信单位、城乡居民基本医疗保险定点医院、法院法医技术鉴定、各类体检及阜南县第二县域医共体牵头单位，所辖9个乡镇分院，覆盖人口近40万。现有职工682人，各类专业技术人员641人，其中高级职称65人，中级职称225人;安徽省基层名中医1人，颍淮名医1人，颍淮名中医1人，颍淮基层名中医5人，阜阳市领创人才1人，安徽省基层名中医学术经验继承人2人，阜阳市县级卫生学术和学科带头人4人，阜阳市高层次专业技术后备人才1人，阜南县专业技术拔尖人才2人。现设有急诊科、内一科(心血管病一区)、内二科(心血管病二区)、内三科(脑病一区)、内四科(脑病二区、脾胃病区、呼吸科病区)、内五科(糖尿病区、肾病区)、内六科(名医堂)、外一科(肛肠病区)、外二科(脑外病区、泌尿病区)、骨伤一科、骨伤二科、治未病科、儿科、针灸康复科、推拿科、妇产科、眼耳鼻喉科、药剂科、检验科、放射科、超声科、心电图室、血液透析室、重症监护室、介入导管室等临床医技科室36个，行政职能科室20个，其中脑病科系国家级重点专科，骨伤科系省级重点专科，康复科、肛肠科系省级特色专科，心血管病科系市级重点专科。拥有西门子1.5T核磁共振、西门子64排螺旋CT、移动方舱实验室、移动方舱CT、减影血管造影(DSA)等大中型设备100多台件。 按照三级甲等中医医院标准规划建设新院，县委、县政府先后划拨168亩建设用地。其中一期工程于2018年初投入使用，占地面积50亩，建筑面积4.5万平方米，设置床位600张，年门诊患者达20万余人次，为近3万患者提供住院诊疗服务;二期工程建设项目总投资8亿元,总占地面积118亩，总规划建筑面积16万平方米，规划有门诊楼、医技楼、病房楼、感染楼、培训基地、护理楼等功能建筑，已于2021年3月开工建设。为了进一步加强医院内涵建设,坚持以中医药为主的办院方向，保持和发挥中医药特色优势，提高临床疗效和学术水平，使医院得到了快速的发展，综合实力持续强劲提升，阜南县中医院紧紧围绕新形势下中医药工作方针，以构建现代化中医院为目标，以“坚持中西并重，突出中医特色”为导向，拼搏创新，务实重干，推动县中医药事业发展，牢牢抓住“大病县内治、小病就近看，未病共同防”的工作思路，以分级诊疗、双向转诊等工作为切入点，充分发挥县中医院的城乡纽带作用，着力打造脑病科、骨伤科、康复科、肛肠科、心血管病科等具有中医特色的专科建设，不断满足人民群众多样化的中医药健康服务需求，切实增强人民群众对中医药健康服务的获得感，进一步改善医疗服务环境，强化医院内涵建设，提升中医药服务能力，积极推进胸痛中心、卒中中心建设，不断完善和提高自身诊疗服务能力，以三级中医院为标准，加快县中医院二期工程建设步伐，为创建三级中医医院积蓄力量、筑牢基础，真正使人民群众在家门口就能看得起病、看得上病、看得好病，逐步夯实县委、县政府提出的“百姓得实惠、医生有激情、医院得发展”的医改目标。建院以来始终秉承“大医精诚”、“仁者爱人”的中医药文化理念，牢记院训“仁爱、厚德、博学、创新”，致力打造名医、名药、名科、名院“四名工程”，始终坚持以人民健康为中心，大力发展中医药事业，以创新的工作思路，提高医疗质量，突出中医药特色，加速推广中医药适宜技术，推行优质护理服务，注重人才培养与引进，不断强化内涵建设，以一流的技术，一流的服务，为全县170多万人民群众提供更为优质、安全、高效、覆盖全生命周期的卫生健康服务，为繁荣和发展阜南县中医药事业作出应有贡献，为建设健康阜南奠定坚实的基础。