新疆博尔塔拉蒙古自治州蒙医医院始建于1984年6月，是隶属于自治州卫生健康委员会管理的正县级差额事业单位，2012年评定为“二级甲等”中医民族医公立医疗机构。于1999年搬迁至现址，占地面积21.6亩，建筑用房面积12871.4平方米，核定编制床位数160张，16个科室，人员编制95名。实际开放床位数170张，现有科室28个(其中行政职能科室14个，临床科室9个，医技科室5个)，实有工作人员266名(其中：在编人员82名，自聘人员184名)。2016年经自治州编委批准挂牌成立博州蒙医药研究所，2021年挂牌为湖北省中医院博州分院。

内设机构：博州蒙医医院党政办公室、医务科、护理部、人事科、院感办、经管科、医保办、财务科、招标采购办、后勤总务科、纪检监察室;药剂科、放射科、检验科、心电超声科、手麻科;药浴科、五疗康复科、内科、心血管内科、肛肠科、骨伤科、妇产科、急诊科、老年科、门诊部。内设机构规格相当于科级。

在党和国家、自治区、自治州相继出台发展中医民族医药事业利好政策指引下，医院逐步发展成为以蒙医药为主、中蒙西医融合发展，集医疗、教学、科研为一体的现代化蒙医医院。医院坚持以蒙医药传统特色优势为主导，以重点学科带动医院发展，以特色技术带动学科进步，凸显蒙医药特色优势，建有2个自治州级名蒙医工作室。医院五疗康复科于2012年被国家中医药管理局评为国家级重点专科培育项目，2018年被国家中医药管理局评定为区域民族医诊疗中心;药浴科于2015年被自治区中医民族医药管理局评为自治区级重点专科;蒙医骨伤科于2021年被自治区卫生健康委评为自治区级重点专科培育项目;蒙医内科于2019年5月被评为自治州级重点专科;2018年通过国家中医药管理局评审成为全疆唯一一家国家级蒙医职业医师实践技能考试基地;2022年12月成功创建国家基层版心衰中心，全区蒙医药学术承担医院;2018年被自治州民族团结进步创建领导小组评为“自治州民族团结进步创建示范单位”;2022年9月被自治州党委、自治州人民政府评为“承办自治区第十届少数民族传统体育运动会先进集体”。