阿瓦提县妇幼保健院2014年浙江绍兴援建，占地10亩，于2015年8月10日起正式投入使用。按照规范化建设手术室要求，建立了由绍兴对口援助金额达153万元的手术室，于2016年8月9日正式投入使用。住院部目前设置床位40张。全院设置有：行政办、医务科、保健科(儿科、儿保科、妇保科、孕保科)、门诊、住院部、中医科等科室。

阿瓦提县妇幼保健院是一所以保健为中心，保健和临床相结合，以基层为重点，开展以生殖健康为核心的妇幼保健机构。

妇幼保健院现有干部职工84人，高级职称6人，中级职称15人，现有卫生专业技术人员50人，其它13人。

开展重大项目：一是国家基本公共卫生项目：妇女保健、儿童保健。二是承担国家重大妇幼卫生项目：预防艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播项目、增补叶酸项目、农村妇女宫颈癌筛查、国免孕优等项目。三是承担自治区南疆项目：新生儿疾病筛查项目、新生儿听力筛查。