吐鲁番市维吾尔医医院创建于1981年6月，是一家以传统维吾尔医药为主，中、西医相结合的集医疗、教学、科研、预防保健、制剂为一体的公立二级甲等维吾尔医医院。主要职能如下： (1)为人民身体健康医疗与护理保健服务。医疗及护理，保健与健康教育(相关社会服务)(2)在提高医疗服务质量和水平的基础上保证教学和科研任务的完成。(3)做好疾病预防，做好基层技术指导和计划生育指导工作。

吐鲁番市维吾尔医医院无下属预算单位，下设处室，分别是：党政办公室、医务科、护理部、总务科、财务科、药剂科、门诊部、骨科、急诊内科、妇科、肛肠科、手术麻醉科、信息科、设备科、人事科、皮肤科、监督科、康复科、疼痛科、特色科、沙疗所。吐鲁番市维吾尔医医院部门编制数 157，实有人数 346 人，其中：在职 169 人，增加 4 人; 退休 41 人，增加 2 人;离休 0 人