乌鲁木齐市妇幼保健院始建于1951年，2013年挂牌自治区妇幼保健院，是集预防、保健、医疗、科研、教学、培训为一体的三级甲等妇幼保健机构,为妇女儿童提供妇幼健康服务，承担自治区妇幼健康业务管理和技术支持工作。

妇幼保健院位于乌鲁木齐解放南路344号，毗邻二道桥商圈，占地7亩，使用面积4.5万平方米，开放床位400张。是北京协和医院、北京大学附属医院、东南大学附属中大医院、国家妇幼保健中心援疆对口单位。

妇幼保健院设孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部、计划生育技术服务部。开设产科、新生儿科、妇科、中医妇科、生殖医学科、人类精子库、妇女保健科、乳腺科、儿童保健科、儿童康复科、急诊科等47个业务科室，其中包括产前筛查与产前诊断、新生儿疾病筛查、新生儿重症转运、重症孕产妇救治、妇科疾病诊疗、生殖医学、盆底康复7个临床中心，婴儿艾滋病早期诊断西北区域实验室，产前诊断重点实验室。

目前有自治区重点专科2个，乌鲁木齐市重点专科4个，培养了一批产前诊断、遗传与优生、辅助生殖等专科人才，是全国孕产妇心身健康门诊研究员实习基地、产科麻醉培训基地、产前诊断培训基地、中医药工作示范基地、眼保健示范单位，自治区宫颈病变防治进修基地、盆底康复技术培训中心、导乐分娩培训基地、新疆医科大学临床教学基地、乌鲁木齐市妇产科质量控制中心。2016年获批国家自然科学基金依托单位，2017年成为国家妇产科住院医师规范化培训基地。

先后荣获 “全国百家爱婴医院”、“全国青年文明号”、“全国农村妇女两癌免费检查工作先进集体”、“ 全国妇幼健康服务先进集体”、“自治区实施妇女儿童发展纲要先进集体”等荣誉。