卓尼县中医院始建于1986年，前身为卓尼县中藏医院， 1992年中医和藏医分设，正式命名为卓尼县中医医院。医院自2014年整体迁入现址后,开始步入相对规范的发展阶段，随着临床业务范围不断拓展，组织结构逐步完善，在整体规模、服务人群、服务范围、科室设置、医疗服务水平、人才队伍建设、医疗质量提升等方面都取得了长足的进展，并于2018年底晋升为二级甲等中医医院。

医院的发展方向是“中医特色明显,专科优势突出,综合服务功能齐全”的中医医院，总体定位是“小综合、大专科、多特色”的二甲中医院。

现占地面积约7.5亩，业务用房4631.43平米，编制床位99张，实际开放床位105张，开设的门诊科室有内科、外科、妇科、儿科、名中医诊室、皮肤性病科、骨伤科、痔瘘科、针灸科、风湿骨病科、治未病科、眼科、急诊、康复科、预检分诊科、核酸采样室等15个科室;住院部有四个病区6个科室,分别是内儿科、外科、针灸科、风湿骨病科、急诊科、康复科;医技科室有检验科(PCR方舱实验室)、彩超心电功能科、放射科(CT室、DR室)、内窥镜室、药剂科(煎药室)、麻醉手术室、消毒供应室、病案室等8个科室，其中省级重点专科1个、县级重点专科1个，分别是针灸科和风湿骨病科。

医院现有职工130人，专业技术人员116人，包括省委组织部选派“双百计划”挂职专家4名，天津对口帮扶工作队员5名。其中，甘肃省基层名中医1人，正高级职称2人，副高级职称12人，中级职称25人，硕士研究生学历4人。中医类别(包括中西医结合与藏医)人员24名，参加过中医专科培训53人。

医疗设备价值千万元以上的一台件，为西门子64排CT机;百万元以上的医疗设备有3台件，50万元以上的设备有11台件，10万元以上的设备有16台件。

医院以“仁、和、精、诚”体现核心价值，从“诊疗行为、言语仪表、同道相处、教学传承、特定礼仪”等方面彰显人文精神，从外观体现、内部装饰、科室介绍、服务理念等方面展显中医药特色文化内涵。