北京水利医院始建于1978年，占地面积7492平方米，建筑面积12222.9平方米。是一所医教研防相结合、科室齐全、设备先进、技术优良、服务周到的二级甲等非盈利性综合医院，是北京积水潭医院骨科医联体单位，北京市首批基本医疗保险定点医院，北京市水务局直属事业单位。

1989年1月经市委、水利部、市委组织部、市农办、市水利局等主要领导同志共同研究，将“北京市水利职工医院”改为“北京水利医院”和“水利部北京总医院”，由市农工委与水利部共同管理。

2000年，根据京农发[2000]15号文件要求，将北京水利医院人、财、物管理权全部交回市水利局管理。

截至2014年底全院有卫生技术人员591人，其中卫计人员506人，医生143人，护士311人，技师52人;正高人员10人，副高人员32人，中级职称人员120人。

机关部门设有综合办公室、医务处、组织人事处、医保办、护理部、院感科、疾控办、离退休办公室、行政处、保卫处。

科室设有内科、外科、创伤科,三大病区，六个病房，门诊设有内科、外科、骨科、手外科、妇科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、中医科、水务医疗办、皮科、针灸理疗科、急诊科、感染科、预防保健科、体检科，医技设有放射科(含CT室)、药剂科、检验科、病案统计科、病理科、B超室、胃镜室、心电图室、社区卫生科等科室，有 4个社区卫生服务站。　医院现有万元以上大型医疗设备154台，西门子16排X线电子计算机断层扫描装置(CT)、法国牙片X光机、西门子移动性X线床旁机、以色列高分辨率数字成像系统(DR)、GES6超声诊断扫描仪、飞利浦CX30便携式超声诊断系统、飞利浦HD6彩色超声诊断仪、德国经颅多普勒超声、日本希森美康的全自动血细胞分析仪、美国血气分析仪、法国威泰科微生物鉴定及药敏分析系统、日本奥克曼全自动生化分析仪、东芝全自动生化分析仪、德国罗氏全自动血凝仪、全自动免疫分析仪、德国莱卡全套病理科设备、赛柏氏液基波层细胞制片系统、德国Drager麻醉机、英国攀龙麻醉机、美国GE麻醉监护仪、美国ATLAS等离子手术系统、德国 ERBE高频电刀、西门子C型臂、德国诺道夫关节镜、腹腔镜手术系统、瑞士种植机、冷光牙齿美白机、法国洁牙机、法国超声波牙科治疗仪、德国SILVER根管治疗仪、德国牙科用热凝仪、德国Drager多参数床旁监护系统、日本光电多参数监护仪、深圳迈瑞中央监护系统、美国GE心电图机、美国灵智呼吸机、德国无创呼吸机、肺功能仪、红外光谱仪、脑病生理治疗仪、爱尔兰泰科呼吸机、日本奥林巴斯电子内窥镜系统、以色列成人骨密度仪、美国SCD压力抗栓泵、眼震图仪、耳声阻抗测量仪、微波综合治疗仪、动脉硬化检测仪、光电一体化阴道镜、电脑验光、曲率仪、德国蔡司手术显微镜、日本动态血压分析系统、澳大利亚呼吸机、全自动洗胃机、日本光电心电监护除颤仪、二氧化碳激光治疗机等。