肃南县民族医院始建于1991年，是自治县唯一一所集中藏医医疗、康复、理疗、保健、科研为一体的二级乙等民族医院。医院业务用房使用面积5300平方米，编制床位60张;设有一级临床科室6个，医技科室3个，职能科室3个;现有各类专业技术人员28人，其中正高级职称1人、副高职称5人、中级职称6人、初级职称16人;配备彩超、CR系统、全自动生化分析仪、电脑四维牵引床、电脑颈椎牵引椅、蜡疗仪、疼痛治疗仪、中药熏洗治疗仪、关节活动训练器等医疗设备52台(件)。

我院于2017年投资1500余万元新建住院部综合楼，建筑面积5000平方米，于2018年5月竣工验收投入使用。内设有中医馆、藏医馆、针灸理疗科、影像科、中西医住院部、藏医住院部等功能科室，新建住院部综合楼的投入使用，极大地改善了县民族医院的基础设施条件。

2020年10月我院争取到中医药服务能力提升建设项目(特别国债)1250万，购进CT、彩超、动态DR、信息化系统、肺功能检测仪、体外冲击波治疗仪、深层肌肉按摩仪、无烟艾灸床等中藏医设备。该项目建成后，全县中医药资源配置进一步优化，基础设施装备条件进一步改善，服务能力和服务水平显著提升。

近年来，医院始终坚持发挥中藏医药特色优势，以患者为中心，以质量为核心的办院理念和人才立院、科技兴院、专科强院的办院方针，走中藏医药为主、藏中西医结合、小综合、大专科的发展路子，逐步形成了院有专科、科有专病、病有专药、人有专长的发展格局。医院常年以独特的中、藏医适宜技术治疗各类常见病、地方病、慢性病及各类疑难病症，为患者提供针灸、推拿、按摩、火罐、蜡疗、熏蒸、中药外敷、穴位贴敷、藏医药浴等中藏医药服务，不仅为自治县各族人民群众就近提供了优质的中藏医药服务，而且还治愈了邻近县市的大量患者，在河西三地享有较好的声誉。