中医学院是北京中医药大学历史最长、規模最大的集教学和科研及医疗服务为一体的学院，其前身为北京中医学院中医系，创建于1956年。自创办之日至今，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在此执掌教席，经过60余年的学术积淀，学院优秀师资丰厚、教学基地完善、专业设置合理、重点学科繁多、国际交流频繁、科研成果显著，为国家和社会培了一大批功底深厚、学验俱丰的国医大师与国医精英。

目前学院有专职教师175人，其中教授56人，副教授72人。博士生导师40人，硕士生导师78人。学院下设17个教研室，7个研究中心(所)、2个实验中心。学院有国医大师3人，全国名中医2人，首都国医名师12人，中医药高等学校教学名师2人。拥有国家级优秀教学团队1个，北京市级优秀教学团队2个，学院建有国医大师传承工作室3个、全国名老中医传承工作室14个、北京市“薪火传承3+3工程"12个。形成了一支以国内外著名专家学者和国内有影响的中青年教授为主的师资队伍。

学院是全国高等中医药院校中首批建立博土学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中西医结合2个博士后科研流动站。中医学、中西医结合均具有一级学科博士学位授权，博士、硕士学位授予点各有12个。中医学和中西医结合基础学科为国家级一级重点学科，两个学科在全国排名均是第一。5个国家级重点学科，10个局级重点学科和3个北京市重点学科，教育部重点实验室2个，国家中医药管理局三级实验室4个，国家中医药管理局重点研究室4个，北京市科委重点实验室2个，科研基地3个。校级创新团队11个。近5年，中医学院师生共发表科研学术论文2098篇，其中SC论文274篇，核心期论文1824篇。近10年，中医学院教师共获得各级科研奖励71顶，其中国家科技进步二等奖4项，省部级及学会科技奖38项，校级科技奖29项。