白旗医院科室设置齐全，专业配置合理，服务功能完善。现设有内儿科、外科、妇产科、传染科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、中医科、皮肤科、手术室、放射科、检验科、功能科、药剂科、供应室、锡盟中心血站正镶白旗储血点等16个临床医技科室。拥有德国生产的西门子16排螺旋 CT机、美国飞利浦彩超机、日本岛津500mAX光机、德国西门子DR机、贝克曼全自动生化分析仪、西门子全自动免疫分析仪、尿沉渣仪、全自动麻醉机、鼻内窥镜、阴道内窥镜等现代医疗设备。应用西医、中医治疗各科病症，开展胸外、骨外、普外、泌尿外、妇产科等手术，同时开通120急救服务。
医院标准化建设项目于2009年启动，2010年门诊楼投入使用，2014年6月新病房楼启用。医院新病房楼主体工程为六层框架结构，总建筑面积为5475.75平方米，病房楼设内儿科、外科、妇产科三个病区，层流手术室4间。科室每个病房以三人间为主，每间病房都有独立卫生间、储存柜并配备中心吸氧、中心负压吸引、呼叫系统等。2014年4月以HIS(医院管理系统)、PACS(医学影像传输系统)、LIS(检验网络信息系统)、电子病历系统(EMR)为中心的医院信息化系统的全面上线运行实现了全院的医疗资源共享;住院部一楼大厅设立了医院警务室，内有警务用具及监控视频。新病房楼的投入使用，极大地改善了广大患者的住院和手术条件，解决住院难(特别是内科)、环境差的问题，同时能够满足不同层次人群医疗服务需求。2015年7月新改建的传染病区正式运行。
2008年8月，医院建立集远程医学会诊、远程医学门诊、远程医学教育、双向转诊医疗服务为一体的远程医学中心;2008年9月与内蒙医院建立对口支援关系，在内蒙医院的帮扶下，开展了股骨头置换术、白内障复明术、肛肠手术等新项目;2009年成为解放军二五一医院的双拥医疗联合体成员医院。2015年、2016年医院分别与包头二附院、锡盟医院签订了对口支援协议，在包头二附院、锡盟医院的帮扶下医院将开展胃镜检查等新项目。总而言之，医院将借助内蒙附院、内蒙医院、包头二附院、锡盟医院、张家口251医院的帮扶，继续坚持以患者为中心的服务宗旨，为患者提供优质、便捷的医疗服务，为促进正镶白旗医院卫生事业的发展做出不懈的努力。