巧家县中医医院始建于1952年，前身是巧家县中医联合诊所，1990年1月10日经政府批准改制为全民所有制县级公立中医院，名为巧家县中医院。2019年4月30日，医院更名为巧家县中医医院，2019年8月底完成整体搬迁至新院，医院占地面积48亩，现有建筑面积4万余平方米。有职工300人，正高职称1名，副高职称15名，中级职称46名。

现为一所集中医医疗、教学、预防和康复为一体的二级甲等中医医院，属差额拨款副科级事业单位。

医院编制床位400张，现开放床位240张，医疗科室18个，其中临床科室13个(内科、老年病科、外科、骨伤科、妇科、针推科、康复科、麻醉科、急诊科、口腔科、治未病科、眼耳鼻喉科、疼痛科)，医技功能科5个(放射科、超声科、检验科、药剂科、消毒供应室)。

医院老年病科、康复科、骨伤科为在建云南省中医特色专科，针灸推拿科和骨伤科为市级重点专科。全院开展的中医特色诊疗有针灸、熏蒸、拔罐、推拿、牵引、中药保留灌肠、穴位贴敷、耳穴压籽、刮痧、艾灸、小针刀、穴位注射、普通针刺、电针等中医特色医疗技术60余项。

医院现拥有百级层流手术室，以及PHILIPS螺旋CT(64排128层)、PHILIPS数字化X光机(DR)、C型臂X光机、PHILIPS彩色多普勒超声诊断仪、PENTAX电子肠镜、电子胃镜、电子阴道镜、体外震波碎石机、美国贝克曼AU680全自动生化分析仪、日本东芝120全自动分析仪、法国斯达高(stago compact MAX)全自动血凝仪、美国贝克曼ACCESS 2全自动化学发光仪、美国贝克曼微生物检定仪、美国BD全自动血培养仪、美国BD全自动酶标仪、远程心电系统、24小时动态血压心电系统等医疗设备。

医院秉承“精诚仁和、承古纳新”的院训，充分发挥中医药特色优势，中西结合，坚持“以人为本、关爱生命、呵护健康、奉献社会”的服务宗旨，全面提高医院的整体医疗水平和服务能力。

2022年，医院荣获云南省委、省政府授予“云南省卫生健康先进集体”光荣称号。