医院目前有沈河、和平、北陵3个院区和4个派驻门诊部。沈河院区主要承载师以上首长救治、学术交流、战救及临床技能培训任务，是全院各院区医疗救治的总依托。和平院区主要承载科研教学、卫勤战备、专科患者救治，是军事医学研发、军地两用人才培训的重要平台。北陵院区主要开设康复医学科，负责伤病员术后康复任务。派驻门诊部主要承担战区机关、各军兵种、省军区等服务保障任务。各点位相对独立，又交叉融合，功能互补，形成了资源整合、功能耦合、发展聚合的部署格局。
70多年来，一代代总院人瞄准前沿，攻坚克难，不断开创技术先河。现拥有2个军队重点实验室、3个全军研究所、8个全军专科专病中心、42个培训基地。心血管外科在国际上首次攻克“法洛式四联症”矫正难题，神经外科在全国率先开展外科显微技术，妇产科在全军率先开展辅助生殖技术，泌尿外科完成全军首例肾移植手术，整形外科开创的国际首例前臂皮瓣游离移植术被命名为“中国皮瓣”，复杂危重冠心病介入治疗技术在国际处于领先水平，年手术量居全国前列、全军一。涌现出中国工程院院士韩雅玲、“当代白求恩”张新生，以及段国升、杨果凡、汪曾炜等一批享誉国内外的医学大家。
医院紧盯战场、贴近临床，持续抓重大课题的协作攻关、重大奖项的联合申报、重大影响论文的集中研究，科研创新成果应运而生，先后获得各类科技进步奖1421项，军队医疗成果奖184项，其中国家科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖3项;军队科技进步一等奖2项、二等奖53项;军队医疗成果一等奖5项、二等奖31项;国家中药一等奖1项、国家发明奖三等项、四等奖2项;何梁何利科学技术进步奖2项;辽宁省科技功勋奖1项，辽宁省科技进步一、二等奖57项;获得国家、军队、省部级各类课题727项，共获各项科研资助经费1亿8千余万元。
近3年，医院开展新技术100余项，40项核心技术进入全军、全国先进行列。医疗技术的迅猛发展，促进了医院影响力的巨大提升，医院连续7年入选全国百强医院，心血管内科连续10年荣登上“中国医院专科声誉排行榜”前五名。
挑战生发机遇，使命激扬动力。站在新的历史起点上，肩负新的使命，北部战区总医院党委，不忘初心，牢记使命，坚持创新发展，和谐发展，安全发展，科学发展，在努力建设一支强大的现代化打仗型医院的道路上阔步前行。