婴儿中性粒细胞减少症可能的原因包括：先天性免疫缺陷、感染或病毒感染所致的骨髓抑制、药物不良反应、染色体异常、遗传性疾病、先天性细胞缺陷、营养不良或饮食问题、自身免疫疾病、放射治疗或化疗所引起的骨髓抑制、骨髓移植后的排斥等。

中性粒细胞减少症的主要原因是基因突变。目前已经发现数十种与中性粒细胞减少症相关的遗传突变。其中最常见的是ELANE基因的突变，该基因编码产生一种被称为髓过氧化物酶的酶。髓过氧化物酶在中性粒细胞发育过程中起着关键作用，突变会导致酶的功能异常，进而影响中性粒细胞的形成和功能。