1992年上海第二医科大学博士研究生毕业，而后师从我国著名肝胆外科专家汤钊猷院士，在上海医科大学肝癌研究所完成博士后研究工作。1995年来厦工作即创建闽南地区第一个肝胆外科。 1996年-1998年，应美国外科学会秘书长B. Mark Evers 教授的邀请赴美国得克萨斯大学医学院外科任客座研究员，完成了“肝癌治疗的实验研究”“结肠癌转移相关基因研究”等5项课题的研究，发表了一批SCI论文。历任福建省外科学会副主任委员、全国肿瘤转移专业委员会常委、福建省肝病学会常委、全国肝癌专业委员会委员、厦门市外科学会主任委员、厦门市医学会副会长、厦门市医师协会副会长、《中华消化外科杂志》编委、《国际外科学》杂志编委、《中华医学杂志》英文版编委、厦门大学附属中山医院院长。现任厦门大学附属中山医院党委书记、厦门大学医学院常务副院长、厦门大学消化疾病研究所所长、厦门市消化疾病诊治中心主任。

王效民教授长期从事肝胆外科的医疗研究工作，在肝胆胰外科手术及各种肝胆胰肿瘤癌的综合治疗上具有很高的造诣，开展了大批肝癌、胆囊癌、胆管癌、胰头癌切除术和肝移植等手术，填补了本地区的多项肝胆外科技术空白。科室被确定为厦门市卫生系统重点学科。多年来，在国内外各类核心期刊上发表论文100多篇，50余篇为SCI和Medline收录;参编专著1部，主持国家、省、市科技课题20余项，获各类型科技进步奖多项，培养博士、博士后、硕士70余人。

王效民教授担任院长期间，谨守“团结、敬业、求实、创新”的医院精神，以建设全国重点大学一流附属医院为目标，带领全院职工开拓医院发展新局面。主持开展了医院的各项改革，优化了医院的整体运作，提升了医院的整体管理水平。2005年，积极配合厦门大学本科教学评估工作，并获得优秀评价。在卫生部历年开展的“医院管理年”活动中医院管理水平得到充分肯定，2011年医院荣获“全国医院改革创新奖”。王效民教授任党委书记以来，积极探索党建工作新模式、新思路，不断拓宽党建工作新局面。